לאחר שחזור ארוך ובעלות של מיליוני דולרים נפתח בפטרבורג שברוסיה, בית הכנסת של הקהילה היהודית בעיר שנבנה לפני 130 שנה. על עבודת השחזור שארכה חמש השנים, עמלו מעל מאה אנשי מקצוע מהטובים ביותר במדינה, בהם אדריכלים ומומחים רוסיים מהשורה הראשונה בעולם בתחום שחזור והצלת מבנים היסטוריים. את מימון מבצע השיפוץ והשחזור עבודות השחזור נטלה על עצמה גב' לילי ספרא לעילוי נשמת בעלה – הפילנתרופ אדמונד ספרא ז"ל. כבר בחייו, שמר מר ספרא פינה חמה לקהילה היהודית בפטרבורג, וסייע לפיתוח ושימור החיים היהודיים בעיר.

מאז הקמתו ב 1886 ועד לפני חמש שנים, שימש המבנה את יהודי פטרבורג. בית הכנסת פעל כל השנים למרות הפרעות מצד השלטונות שהצרו בתקופות מסוימות את פעילות החיים הדתיים ברוסיה. הבניין הוקם בתקופה בה פטרבורג הייתה עיר תחום מושב וליהודים נאסר להתגורר בה -למעט מספר יהודים מועט, שתרם תרומה משמעותית לכלכלת ושגשוג העיר. לכן, כשהסתיימה בניית בית הכנסת, הוא נקרא בפי כל "בית הכנסת של הסוחרים" ומאז הוא משמש את הקהילה היהודית. גם בימיה הפחות יפים של הקהילה היהודית ברוסיה – ימי השלטון הקומוניסטי, ואף בימי המצור הגרמני פעל בית הכנסת ברציפות, והיו גם ימים שהוא שימש כבית הכנסת של החסידים בעיר.

המבנה המיוחד גדוש בהיסטוריה מרשימה, קירותיו נושאים את סודות המקום והשמירה על הגחלת היהודית בעיר. בימי השלטון הקומוניסטי פעלה במקום מחתרת יהודית שארגנה שיעורי תורה ולימודי השפה העברית בתוך בית הכנסת. גם שלוחי הרבי מליובאוויטש זי"ע, בשנות ה 70 וה 80 באו לעיר, כדי לקבץ את שומרי הגחלת הצמאים לדבר השם, וחיפשו מורים ומדריכים שילמדו איתם. פעילות לא חוקית בעליל שהתקיימה בבתים פרטיים ובתוך מבנה בית הכנסת, במחתרת. בשנת 1993 תרמה משפחת ספרא את שיפוצו של בניין בית הכנסת לעילוי נשמת בנה חזקיה קלאודיו הכהן ובנו רפאל שנספו בתאונת דרכים.

במהלך שנות קיומו של בית הכנסת, התפללו בו ונטלו חלק פעיל בפעילותו, גאוני עולם כמו הרוגצ'ובער, חסידים ואנשי מעשה נודעים רבים אחרים. בימי המצור הגרמני על העיר, בהם נהרגו כמיליון איש מתושבי העיר, לא נפקד מקומם של יהודי העיר, ומדי יום הובאו אל חצר בית הכנסת מאות גופות של יהודים הי"ד ומשם הועברו לקבורה יהודית.